В работе вскрывается и анализируется серьезный дефект действующей в России системы тарифов на грузовые железнодорожные перевозки: их завышение для субсидируемых из бюджета отраслей российской экономики и занижение для целого ряда других отраслей, что в результате приводит к находящемуся вне поля зрения регулятора переносу бюджетных субсидий из одних отраслей в другие. В статье подробно разбирается действие такого транзитного механизма субсидирования применительно к цепочке «бюджет — нефтепереработка — железнодорожный транспорт — угледобыча». На этом примере показано, что транзит субсидий в результате дифференциации железнодорожных тарифов носит весьма масштабный характер (в период 2019–2021 годов этот механизм приносил угольной промышленности в среднем 270 млрд руб. в год). Обоснован тезис, что субсидирование угледобычи через разницу в железнодорожных тарифах не может быть оправдано рациональными экономическими соображениями, поскольку оно лишь продлевает жизнь большому числу безнадежно убыточных предприятий и тем самым тормозит экономическое развитие угледобывающих регионов. В работе оцениваются последствия возможной ликвидации рассматриваемого механизма субсидирования путем сближения тарифов на перевозку нефтеналивных грузов и угля. Показано, что если бы такая ликвидация была проведена в 2023 году, она прошла бы сравнительно безболезненно для отрасли, позволив в перспективе до 2050 года сократить ежегодные расходы государственного бюджета на цели субсидирования на 245 млрд руб. и направить высвобождаемые средства на диверсификацию экономики и развитие социальной сферы в регионах сосредоточения угольной промышленности.